После покупки VPS сервера возникает масса проблем. Нужно выбрать веб-сервер, фтп-сервер, почтовый сервер. Нужно продумать принципы организации работы веб-сервера с отдельными модулями.
Проблемы начинают проявлять себя непосредственно в работе. То памяти чересчур много расходуется, то процессор работает постоянно на максимуме, то начинает сказываться низкая скорость работы жесткого диска, то еще что-нибудь.
Вот тут и наступает момент необходимости оптимизации. Когда установленные программы начинают настраивать, тестировать, опять настраивать.